1、形成配合物时的配体不一样：硫氰根是硫作配体，异硫氰根是氮作配体。
2、结构不一样：异硫氰根中氮、碳、硫都是以两个化学键相连，而硫氰根中硫与碳之间以一个化学键相连，碳与氮之间以三个化学键相连。
3、配位原子不一样：硫氰酸根配位原子为硫，异硫氰酸根配位原子为氮。
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