联是记录进货及付款方面凭证用的。
抵扣联是用于去税务局认证后抵扣销项税的。
开具的单位和个人应当建立使用登记制度，设置登记簿，并定期向主管税务机关报告使用情。
司法实践中联和抵扣联的主要区别是：联是给购货方的，购货方作为记账的凭证，而抵扣联是给购货方，作为抵税的，联做到账里，抵扣联中进项税金，认证了之后，购货方能抵税，抵扣联认证了之后，单独订起来。联做为记账用，是购物凭证;抵扣联要给退税科提供，被收回去的，用于税款抵扣的。
一、什么是专用抵扣
专用是一般纳税人开具的，经过认证后，可以做为进项税额，在申报时抵扣购进货物时已缴纳的!比如：当月购进货物金额为10000，专用上开具的税额为1700，这个1700就是可以抵扣的部分，如果卖出金额为11000元，那么开具的专用上的税额就为1717元，应纳税额就为1717-1700=17元。
二、为什么要认证?
认证是指通过税控系统对所包含的数据进行识别、确认。纳税人通过税控系统开具时，系统会自动将上的开票日期、号码、代码、购买方纳税人识别号、销售方纳税人识别号、金额、税额等要素，经过加密形成防伪电子密文打印在上。认证时，税务机关利用扫描仪采集上的密文和明文图像，或由纳税人自行采集电子信息传送至税务机关，通过认证系统对密文解密还原，再与明文进行比对，比对一致则通过认证。
认证是税务机关进行纳税申报管理、出口退税审核、稽核比对、异常核查以及税务稽查的重要依据，在推行“以票控税”、加强税收征管中发挥着重要作用。
回答涉及到的法律依据：
根据《中华人民共和国管理办法实施细则》
第三条
的基本联次包括存根联、联、记账联。存根联由收款方或开票方留存备查;联由付款方或受票方作为付款原始凭证;记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。省以上税务机关可根据管理情况以及纳税人经营业务需要，增减除联以外的其他联次，并确定其用途。
